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使用 PLGS Threshold Inspector 优化 MSe 谱图处理参数 - WKB1232

Troublshooting slow PLGS MSe processing 步骤 4 的 6
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文章编号: 1232点击此处访问英文版本文章

目的

通过优化 PLGS 谱图处理参数，使由 MSe 或 HD-MSe 数据确定的蛋白质数量最大化。

 

环境

  • ProteinLynx Global Server (PLGS)
  • Progenesis QI for Proteomics v3
  • MSe、HD-MSe 或 SONAR 数据
  • PLGS Threshold Inspector（用于自动优化 PLGS MSe 处理参数的工具）
  • PLGS（已配备 Tesla GPU）处理 PC

 

注意：Progenesis QI for Proteomics v4 包含自动 MSe 阈值优化程序，不需要 PLGS Threshold Inspector。

步骤

要使用 PLGS Theshold Inspector 优化 MSe 处理参数，需要以下文件：

  • 要分析的 MSe类型的RAW 格式数据文件

  • PLGS（需要使用 Apex3D64.exe、Peptide 3D.exe 和 iaDBS.exe 文件）或 Progenesis QI for Proteomics v3

  • 导出为 XML 文件的 PLGS 搜索工作流程

  • 适用于生成原始数据并由工作流程文件引用的样品的序列数据库（fasta 文件）

 

将 PLGS Threshold Inspector 和 PLGS、蛋白质组学数据分析软件 Progenesis QI v3 一起设置和使用的详细说明，位于附件部分

 

步骤

  1. 从 http://sourceforge.net/projects/plgs...urce=directory 下载并安装 PLGS Threshold Inspector。

  2. 将一个适合从 PLGS 工作流程库中分析的样品的搜索工作流程导出为 XML 文件（有关说明，请参阅 PLGS 帮助文件）。

  3. 打开 PLGS Threshold Inspector。

  4. 在 PLGS Threshold Inspector 窗口的左上角，选择要用于优化的原始数据文件。

  5. 在窗口的右上角，您可以看到一个闪烁的红色图标。单击它旁边的图标，将打开一个用于链接所需 EXE 文件的下拉菜单。下面的示例路径适用于 PLGS3.0.3，其他版本 PLGS 的路径可能有所不同。

    1. Apex3D - C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\（选择 Apex3D.exe 或 Apex3D64.exe）

    2. Peptide3D - C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\Peptide3D.exe

    3. IADBs - C:\PLGS3.0.3\bin\IADBs.exe

    4. 工作流程 - 选择步骤 2 中导出的包含搜索参数的工作流程 XML 文件

    5. 选择包含步骤 2 中导出的工作流程 XML 文件引用的序列库的 fasta 文件

注意：Progenesis QIp v3 用户也有 PLGS3.0.3。两者都使用相同的可执行程序进行 MSe 处理。因此，Progenesis QIp v3 用户可以按照上述说明操作，也可以按附件所述，使用 Progenesis QIp 安装文件夹中的可执行程序。

  1. 选择您要测试参数的数据中的时间窗口。

建议：当您首次设置 PLGS Threshold Inspector 时，选择一组参数和一个较窄的时间窗口，以确保所有链接都正常工作。

  1. 通过选中主窗口左侧的复选框，选择要测试的参数组合。
  2. 按 Play（播放），使参数开始测试，并找到最适合选中数据文件的参数。

注意：PLGS Threshold Inspector 可报告蛋白质数量，而不是匹配数。这意味着结果可能因包含多余的同系物而有所增加。

  1. 基于 PLGS Threshold Inspector 比较的结果，在 PLGS 中创建 MSe 处理参数。

附加信息

  • PLGS 或 Progenesis QI Proteomics 缺省 MSe 处理参数以及 PLGS 系统适应性测试文件中列出的参数均不适用于所有样品。
  • MSe 处理参数设置错误可能会对已确定的蛋白质数量产生严重的不利影响。
  • 为安全起见，将 MSe 参数设置为较低的值可使匹配条目更少，因为 PLGS 会对不匹配的峰进行罚分。
  • 强烈建议用户优化每种样品类型的低能量和高能量阈值设置。
  • PLGS Threshold Inspector 是用于自动查找 PLGS 数据处理的最佳 LE 和 HE 阈值的工具。
  • PLGS Threshold Inspector 由 Waters 开发，但其不是官方的 Waters 软件，作为免费软件发布。

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