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ProteinLynx Global Server (PLGS) 处理缓慢;非特异性序列数据库 - WKB5677

故障描述

  • PLGS 需要很长时间才能运行搜索(参见 PLGS 任务管理器)
  • 在“任务管理器”中,iadbs.exe(MSe 搜索)打开,但需要很长时间才能运行搜索和关闭

环境

  • ProteinLynx Global Server 2.x.x
  • ProteinLynx Global Server 3.0
  • ProteinLynx Global Server 3.0.1
  • ProteinLynx Global Server 3.0.2
  • ProteinLynx Global Server 3.0.3

原因

搜索工作流程中使用了多物种或高冗余蛋白质序列数据库。

如果使用的序列数据库不特定于衍生的样品物种,或者包含大量冗余序列,则搜索步骤会更慢。

此外,如果您尝试将整个 Uniprot 数据库用作搜索库,可能会占用 PC 的全部 RAM。

解决方法

  1. 从 Uniprot 下载针对特定物种,同时又不包含冗余序列的 fasta 文件(例如,通过基因组 DNA 自动转录衍生的片段序列),将其导入 PLGS 数据库中,配置使用新数据库的工作流程,然后重复搜索。(有关说明,请参阅 PLGS 帮助文件。)
  2. 如果从整个 Uniprot 数据库中创建任何现有库(在 PC 上查找非常大的 fasta 问题文件),请从 PLGS 库编辑器中删除相关的蛋白质序列数据库并重新启动 PLGS。

附加信息

有许多因素可以促使 PLGS 3 缓慢处理 MSe 数据。其中一些可能同时发生,具有加成或协同效应,从而进一步减慢处理速度。如果上述解决方案不起作用,请尝试其他解决方案,无论是单独使用还是与此解决方案结合使用。

请参阅文章 5378、5380、5382、5386、5388 和 5679。