Peptide3D MSe 处理在 ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3 中挂起 - WKB3426

故障描述

• MSe 处理挂起（通常在峰匹配步骤）
• 无论 PC 安装了多少 RAM，内存占用率都增加到 100%
• Windows 任务管理器显示有一个名为 peptide3D.exe 的进程占用了大部分可用 RAM

环境

• PLGS 3.0.3
• MSe、HD-MSe 或 UD-MSe 数据处理

原因

MSe 质谱处理参数中的 Apex3d 阈值对于正在处理的数据而言可能过低。这意味着 Apex3D 可执行文件正在检测很多噪音峰。这些噪音被传递到 peptide3D 可执行文件，该文件在尝试处理这些噪音时导致系统 RAM 过载，进而导致进程挂起。

产生此问题的原因通常是客户处理数据时使用了缺省的 MSe 处理方法，而没有为其特定数据集设置合适的参数。

解决方法

1. 停止 PLGS 中的所有处理作业。
2. 使用 Windows 任务管理器停止 peptide3D 可执行文件或 Apex3D 可执行文件。
3. 在 PLGS 中，使用更高的 Apex3D 低能量和高能量阈值创建新的 MSe 处理方法。
   • 用户最好单独为每个数据集优化 Apex3D 低能量和高能量阈值，因为这将决定可识别的峰的最大数量。
   • PLGS Threshold Inspector 是一款很有用的免费软件工具，能够半自动地优化 Apex3D 阈值。
4. 如果由 PLGS Threshold Inspector 确定的最佳 Apex3D 参数低于处理挂起时使用的参数，则导致问题的原因不只是 Apex3D 阈值，请联系 GSS。
5. 如果由 PLGS Threshold Inspector 确定的最佳 Apex3D 阈值高于处理挂起时使用的 Apex3D 阈值，请尝试使用这些阈值重新处理问题数据文件。
6. 如果优化的 Apex3D 阈值参数可以处理问题文件，请使用新的 MSe 处理方法重新处理整个数据集。
7. 如果用优化的阈值仍无法处理数据，或者优化的阈值无法处理问题文件，请采取文章 13412 中所述的解决方案。

附加信息

安装 PLGS 时附带的缺省 MSe 处理方法中的 Apex3D 阈值只适用于采用 Waters 指定的样品进行的系统适应性测试。对于任何其他数据，它们都不是最佳参数，在许多情况下甚至完全不适合待处理的数据。

如果您需要有关安装和使用 PLGS Threshold Inspector 的更多信息，请联系 GSS。

请注意，无论是否采取了文章 13412 的修复措施，每次分析不同的数据集时，可能都需要重新优化 Apex3D 阈值。

同样的问题还会影响 Progenesis QI Proteomics v3。然而，Progenesis QI Proteomics v4 中该问题得到了修复。