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Peptide3D 处理挂起,ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3 卡住 - WKB13412

本文是故障排除路径的一部分。如果以下故障描述与您的问题不完全匹配,或者解决方法没有解决问题,请考虑使用此链接从路径的起点处开始

故障描述

  • MSe 处理挂起(通常在峰匹配步骤)
  • 有时,PLGS 中的 Job Viewer(任务查看器)显示处理卡在“calibrate Z1 drift raw”(校正 Z1 漂移原始)步骤
  • 无论 PC 安装了多少 RAM,Windows 任务管理器都显示谱图处理期间 RAM 使用率增加至 100%。
  • Windows 任务管理器显示有一个名为 peptide3D.exe 的进程占用了大部分可用 RAM。
  • Apex3D 阈值优化不起作用,或不适用于该样品(例如,PLGS Threshold Inspector 不适用于 HCP 分析)

环境

  • ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3
  • 其他版本的 PLGS 不受此问题影响

原因

在 MSe 处理期间,传递到 Peptide3D 可执行文件的峰过多。这导致 petide3D 在匹配低能量峰和高能量峰时尝试将过多数据加载到 RAM 中,并耗尽所有 RAM。当客户尝试使用缺省 MSe 处理方法处理数据而不是为特定数据集导出正确的参数时,通常会发生此问题。如果处理方法中的 Apex3D 低能量和高能量阈值对于正在处理的数据过低,情况会更糟糕。

解决方法

  1. 关闭 PLGS 并停止 Windows 任务管理器中的所有 PLGS 进程(例如,Apex3D、Peptide3D、iadbs)。
  2. 右键单击此链接并选择“另存为”以下载命令文件 Peptide3D.exe_params.txt
  3. 将 Peptide3D.exe_params.txt 命令文件保存到 C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\。
  4. 重新启动 PLGS 3.0.3。
  5. 重新处理问题数据。

在适用于样品类型(即分馏样品或宿主细胞蛋白质分析以外的任何其它分析)的情况下,优化 Apex3D 阈值可以减少此问题的发生。结合上述修复和优化的 Apex3D 阈值,可获得最佳结果。

附加信息

  • 随附的 peptide3D_params.txt 'command'(命令)文件包含限制 peptide3D 在匹配低能量(母离子)峰与相关的高能量(子离子)峰时使用保留时间窗口的命令。因此,Peptide3D 必须将更少的数据加载到 RAM 中,这可以防止系统 RAM 因 peptide3D 进程而导致过载。
  • 对于在没有此命令文件的情况下成功处理的样品,在应用命令文件后重新处理可能会改变识别的蛋白质数量。识别数量可能会增加或减少。