Peptide3D 处理挂起，ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3 卡住 - WKB13412

故障描述

• MSe 处理挂起（通常在峰匹配步骤）
• 有时，PLGS 中的 Job Viewer（任务查看器）显示处理卡在“calibrate Z1 drift raw”（校正 Z1 漂移原始）步骤
• 无论 PC 安装了多少 RAM，Windows 任务管理器都显示谱图处理期间 RAM 使用率增加至 100%
• Windows 任务管理器显示有一个名为 peptide3D.exe 的进程占用了大部分可用 RAM。
• Apex3D 阈值优化不起作用，或不适用于该样品（例如，PLGS Threshold Inspector 不适用于 HCP 分析）

环境

• ProteinLynx Global Server (PLGS) 3.0.3
• 其他版本的 PLGS 不受此问题影响

原因

在 MSe 处理期间，传递到 Peptide3D 可执行文件的峰过多。这导致 petide3D 在匹配低能量峰和高能量峰时尝试将过多数据加载到 RAM 中，并耗尽所有 RAM。当客户尝试使用缺省 MSe 处理方法处理数据而不是为特定数据集导出正确的参数时，通常会发生此问题。如果处理方法中的 Apex3D 低能量和高能量阈值对于正在处理的数据过低，情况会更糟糕。

解决方法

1. 关闭 PLGS 并停止 Windows 任务管理器中的所有 PLGS 进程（例如，Apex3D、Peptide3D、iadbs）。
2. 右键单击此链接并选择“另存为”以下载命令文件 Peptide3D.exe_params.txt。
3. 将 Peptide3D.exe_params.txt 命令文件保存到 C:\PLGS3.0.3\lib\apex3d\。
4. 重新启动 PLGS 3.0.3。
5. 重新处理问题数据。

在适用于样品类型（即分馏样品或宿主细胞蛋白质分析以外的任何其他分析）的情况下，优化 Apex3D 阈值可以减少此问题的发生。结合上述修复和优化的 Apex3D 阈值，可获得最佳结果。

附加信息

• 随附的 peptide3D_params.txt 'command'（命令）文件包含限制 peptide3D 在匹配低能量（母离子）峰与相关的高能量（子离子）峰时使用保留时间窗口的命令。因此，Peptide3D 必须将更少的数据加载到 RAM 中，这可以防止系统 RAM 因 peptide3D 进程而导致过载。
• 对于在没有此命令文件的情况下成功处理的样品，在应用命令文件后重新处理可能会改变识别的蛋白质数量。识别数量可能会增加或减少。