Progenesis QI 蛋白质组学与蛋白定量和蛋白鉴定软件为相同的 MSe 数据提供不同的 ID - WKB29713

故障描述

• 在 PLGS3.0.3 和 Progenesis QI Proteomics v3 或 v4 中使用相同的处理参数处理相同的数据时，获得的蛋白质鉴定结果不同
• 确认所有处理参数（例如，Apex3D 低能量和高能量阈值、锁定质量数）相同
• 所有搜索参数都相同（相同的 fasta 文件、酶切试剂、肽和碎片离子质量数容差、允许的修饰、允许的漏切位点数）

环境

• PLGS3.0.3
• Progenesis QI for Proteomics v3 或 v4

注：如果比较 PLGS3.0.3 和 Progenesis QI for Proteomics v4，请确保文章 13412 中描述的 Peptide3D 修饰已应用于 PLGS3.0.3。缺省情况下，此修改在 Progenesis QI for Proteomics v4 中实现，并且可能会对已鉴定的蛋白质产生影响。

原因

处理的保留时间窗口内的差异

在 Progenesis QIp 中设置 MSe 实验时，有两个地方必须指定保留时间范围。对于 MSe ID 搜索，必须在 MSe 数据导入向导中定义保留时间窗口。对于 Progenesis 差分引擎，用户可以在 Automatic Processing（自动处理）向导中定义保留时间窗口。如果只定义第二个，则在 Automatic Processing（自动处理）向导中定义的保留时间窗口不会应用于识别蛋白质的 MSe 峰处理。这意味着所有数据都由 Apex3D 和 Peptide3D 处理并用于 iadbs 搜索，因此 Progenesis QIp 中的搜索未使用 PLGS 中使用的相同数据子集。但是，Automatic Processing（自动处理）中的保留时间限制会正确应用于定量的数据。

解决方法

使用 PLGS 处理参数中使用的相同 RT 窗口重新处理 Progenesis QIp 中的数据。

1. 导航至 Progenesis QI for Proteomics 中的 Identify proteins（鉴定蛋白质）选项卡。
2. 确保 Ion Accounting（离子计数）为选定的肽鉴定方法。
3. 单击 Change Apex3D Parameters（更改 Apex3D 参数）按钮。
4. 此操作将打开 Apex3D 参数向导，该向导大致相当于 PLGS 中的 Processing（处理）参数。确保 Threshold（阈值）与 PLGS 上使用的值相同。
5. 选择 Elution limits（洗脱限制）选项卡，设置与 PLGS 中处理参数相同的保留时间窗口。
6. 单击 OK（确定）重新处理数据。注：重新处理数据时，您将看不到进度条。您可以在 Windows“任务管理器”中监视 Apex3D 和 Peptide3D 的进程。这可能需要很长时间。
7. 分析中所有样品的 Apex3D 和 Peptide3D 都已完成后，单击 Search for Identifications（搜索标识）按钮，对定义保留时间窗口中的数据重复搜索步骤（相当于 PLGS 工作流程）。

附加信息

为了确保进行同类比较，必须使用正确版本的 PLGS 和 Progenesis QI for Proteomics；否则，使用的处理可执行文件版本将不同。在处理可执行文件方面：

Progenesis QIp v4 = 带有 WKB13412 中所述的 Peptide3D 修饰的 PLGS3.0.3

Progenesis QIp v3 = 不带上述修饰的 PLGS3.0.3

“回滚”MSe 处理程序的 Progenesis QIp v3 = PLGS3.0.2

Progenesis QIp v2 = PLGS 3.0.2