如何设置 Tof MRM 实验 - WKB5226

目的

创建 Tof MRM 方法

环境

• Xevo G2-XS
• Synapt G2-S
• Synapt G2-Si

步骤

1. 要设置 Tof-MRM 实验，必须在 MS 方法编辑器窗口中选择 Tof-MRM 采集类型。
2. 在 Acquisition（采集）选项卡中，指定基本方法参数，包括时长、离子源类型、极性和 Tof 模式。

4. 在 Tof MS 选项卡中，输入特定于 Tof 分析器的参数，包括质量数范围、扫描时间和数据格式。质量数范围应包含所有感兴趣的质量数。使用 MRM 窗口的 RADAR 或 None（无）选项时，此功能尤其适用（请参阅步骤 5）。

5. MRM 选项卡包含特定于待执行 MRM 实验的参数。MRM 可以通过输入开始和结束时间、母离子和碎片离子的质量数、碰撞能量、锥孔电压和目标增强质量数（如果使用，此项应设置为碎片离子质量数）来进行手动计划。用户也可以从先前的实验或从 Excel 电子表格直接导入 *.mrm 文件格式的 MRM 计划。如果需要，可以选择 MRM 选项卡上包含的其它选项：切换 RADAR，扫描填充和数据分割（见下图说明）。

RADAR - 如果需要，您可以计划一次 Tof MS 谱图全扫描，以提供除作为实验主要重点的 MRM 通道外，样品中存在的其它信息的数据。

Scan Padding（扫描填充）- 如果计划了多个重叠的 MRM，以便同时运行的 MRM 的数量随着运行进度而改变，最好启用 Scan Padding（扫描填充）。此功能会将虚拟功能通道插入到连续 MRM 数量下降的区域中，以便在实验持续时间内查找任何特定通道所需的时间一致。准确的定量需要此设置。

Data Stripping（数据分割）- 缺省情况下，MassLynx 将存储 Tof MS 选项卡中所指定整个采集质量数范围的数据。这是 MRM 窗口中的 None（无）选项，不建议使用此选项。为了方便查看并尽量缩小文件大小，您可以使用数据分割来限制写入磁盘的 Tof MS 数据。Isotope Cluster（同位素簇）选项会保留目标碎片离子质量数附近 -1 至 +5 Da 窗口范围内的数据，而 Single Isotope（单同位素）选项则会保留以目标碎片离子质量数为中心 -0.2 至 +0.2 Da 窗口范围内的数据。

6. 要向方法中添加 MRM 通道，请选择 Add（添加）以打开 MRM 编辑器。如果需要，请输入化合物名称。在 Set Mass（设置质量数）下方输入保留时间窗口和父质量数，您可以在 Fragments（碎片离子）下方输入多个碎片离子。通过在 Trap CE Ramp（捕集 CE 梯度）或 Transfer CE Ramp（传输 CE 梯度，如果有）窗口中输入低/高碰撞能量来设置碰撞能量梯度。如果您不需要碰撞能量梯度，请在两个窗口中输入相同的碰撞能量。适用于肽的良好梯度为 10 - 45。输入所需的锥孔电压。对于 Target Enhancement（目标增强）m/z，请输入主要子离子的 m/z。确认 MRM 通道满足要求后，选择 Add（添加），然后选择 Save（保存）以保存 *.mrm 文件。此操作仅会将 MRM 通道保存到文件，而不是保存至 MS 方法。将所有 MRM 通道都保存到 *.mrm 文件后，再保存 Tof MRM MS 方法 (*.exp)。

7. 务必在保存方法之前对通道进行排序。

 

附加信息

MS 方法对功能通道进行重新利用，以便只创建最少数量的功能通道。尽管方法中可能有十个 MRM 通道，但可能只有三个功能通道。要查看每个离子通道采集所用的功能，请浏览到 data file.raw 文件夹，并使用记事本打开 *.fdc 文件，或者使用 Excel 更好。打开后将显示功能和每个离子通道的列表。

使用 Excel 打开 .fdc 文件：打开 Excel，选择“文件”>“打开”，浏览至文件。选择 *.* 作为文件类型，选择“分隔符号”，选择“下一步”，然后勾选除“其他”之外的所有分隔符号。选择“下一步”，然后选择“完成”。