如何在 OpenLynx 中使用 MaxEnt 处理和报告文件 - WKB3138

目的

在采集后或在后处理分析中，立即使用 OpenLynx 自动处理样品，应用最大熵模型程序对谱图进行去卷积处理。在 OpenLynx/OALogin 报告中报告去卷积谱图和数据 

环境

• MassLynx
• OpenLynx
• OALogin
• MaxEnt I、MaxEnt II、MaxEnt III

步骤

1. 确保在处理 PC 上启用了 MaxEnt（请参阅文章如何判断是否在 MassLynx 中启用了 MaxEnt？- WKB3140）。
   
2. 处理数据
3. 在 OpenLynx > SetUp（设置）中打开 OpenLynx 方法。
4. 转到 View > Options（查看 > 选项），选择处理选项 Max Ent，以显示此选项。
5. 点击 MS Process（MS 处理）选项卡，然后单击 MaxEnt。
6. 确保已选中 Do MaxEnt（执行 MaxEnt）复选框。
7. 根据需要编辑可用参数：
   Mass Range（质量数范围）：指定所采集谱图中将要处理的数据范围。
   Output Mass（输出质量数）：定义软件将查找去卷积质量数的质量数范围。
   Range Around Specified Mass（特定质量数范围）：必须在登录过程中指定一个质量数（样品列表或 OALogin）。这使 OpenLynx 能够给出是否命中的结果。
   Output Mass Resolution（输出质量数分辨率）：该软件旨在处理后的去卷积谱图上实现谱图分辨率。
   Output Mass Range（输出质量数范围）：如果您不知道目标化合物的质量数，请使用此范围。用冒号分隔质量数（例如，3000:9000）。使用此值不会给出命中或未命中结果，而是“未搜索”的颜色。
   Damage Model（损坏模型）：缺省设置是使用 Uniform Gaussian（均匀高斯）并设置 Width at Half Height（半高峰宽）到谱图峰的近似峰宽（记住，峰必须在连续模式下采集）。
   Completion Options（完成选项）：最大迭代次数 - 二十次通常足以获得合理的谱图，而无需较长的处理时间。
   Minimum Intensity Ratios（最小强度比）：序列中相邻峰的最小高度需要包含在去卷积计算中。33% 通常为合适的值。
8. 选中保存已处理的质谱框
9. 保存 OLP 文件。
10. 使用此方法处理数据文件会产生自动生成的去卷积谱图。
    
11. 查看和报告数据
12. 要查看去卷积谱图，请在 OpenLynx 浏览器中打开结果文件，然后转到 View（查看）> Options（选项） 
13. 在 Spectrum（质谱图）选项卡上，选中 Default range to data（缺省数据范围）框。如果没有此选项，将仅显示采集的数据，而不显示处理的数据。

注：在使用 OpenLynx 方法通过 OALogin 自动处理之前，可以通过处理样品列表中的原始数据文件来测试 OpenLynx 方法

注意：在某些情况下，即使处理了未知样品，也可能需要输入目标质量数（例如，样品列表中的 Mass A（质量数 A），OpenLynx 方法中的 Mass1（质量数 1））

附加信息

来自 MassLynx 帮助： MaxEnt 算法使用最大熵方法将多电荷电喷雾谱图转换为真实分子质谱。 MaxEnt 会自动查找蛋白质混合物中组分的分子量，除了这些组分位于指定质量数范围内之外，无需任何已知信息。此范围可以很大（例如 5 到 100 kDa）。为减少处理时间，该技术目前涉及初步调查运行，生成粗略输出以查找当前组分的近似质量数。