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使用 ProteinLynx Global Server (PLGS) 时处理缓慢:故障排除策略 - wkb2580

 

Troublshooting slow PLGS MSe processing
A basic troubleshooting path for PLGS slow MSe processing issues
页面:5

故障描述

  • PLGS 需要很长时间来处理 MSe、HD-MSe 或 SONAR 光谱
  • PLGS 需要很长时间才能从 MSe、HD-MSe 或 SONAR 采集中搜索数据。

环境

  • PLGS 3.0.3
  • PLGS 3.0.2
  • PLGS 3.0.1
  • PLGS 3.0

原因

在 PLGS 3.0 中,有几种原因可能导致 MSe 处理缓慢。其中一些可能同时发生,具有加成或协同效应,从而进一步减慢 PLGS 3.0 的处理速度。

有关各原因的详细信息和解决方案请参阅本文章顶部故障排除路径中链接的其它 KCS 文章。

解决方法

本文顶部的故障排除路径包含指向 KCS 文章的链接,这些文章为导致 PLGS MSe、HD-MSe 或 SONAR 数据处理速度缓慢的问题提供已知解决方案。这是第 1 篇文章。其他文章创建的故障排除策略用于解决 PC 和软件配置问题,然后解决单独的 MSe 谱图处理以及序列数据库搜索步骤的任何问题,如下所示。

 MSe 处理速度缓慢的基本故障排除策略(本文)

首先要检查的是

  1. Tesla GPU 配置
  2. 队列中的样品
  3. 取消作业后,任务管理器中多个挂起的 Apex3D 或 Peptide3D 进程
  4. 数据库/项目中的文件过多
  5. 需要清除数据库

完成上述检查后,启动样品处理,打开 Windows 任务管理器,并观察 Apex3D、peptide3D 或 iadbs.exe 是否需要很长时间。或者,查看 PLGS 日志文件确定哪一步骤较慢。

如果是 Apex3D.exe 较慢

  1. Apex3D 阈值和 Tesla GPU
  2. 使用 PLGS Threshold Inspector 优化 MSe 谱图处理参数

如果是 Peptide3D.exe 较慢

8. 由于使用了错误的 Apex3D 阈值,导致 PLGS3.0.3 Peptide3D 挂起

9. Apex3D 阈值虽然经过优化,但 PLGS3.0.3 Peptide3D MSe 处理仍然挂起

如果是 Iadbs.exe 较慢

10. 非特异性序列数据库

11. 缺少文件

12. 执行元蛋白质组学分析时挂起

如果您无法解决问题,请寻求 GSS 帮助

13. GSS 需要用于额外 PLGS 故障排除的信息

14. PLGS 3.0.2 处理缓慢:日志中出现 CUDA 峰掩码错误

附加信息

上述文章没有任何可能性的顺序,可能还存在导致处理缓慢的其它原因。