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采集后如何创建 SONAR 校正文件 - WKB202040

目的

手动创建 SONAR 校正文件 (_sonar.inf),用于 Skyline 等第三方软件中的数据读取和处理。

环境

  • Windows 7 专业版 64 位 SP1

  • Windows 10 企业版 LTSB 2016

  • Synapt XS

  • Xevo G2-XS

  • MassLynx 4.1(仅限 Xevo G2-XS)

  • MassLynx 4.2

  • Apex3D(随 PLGS、蛋白质组学数据分析软件 Progenesis QI 和 DriftScope 一起分发)

  • Skyline

步骤

  1. SONAR 采集的四极杆校正存储在 _sonar.inf 文件中,该文件位于 .raw 示例文件夹中。下图显示的是校正文件的位置(左图)及其内容(使用记事本等文本编辑器读取;右图)。

  1. 创建提供的 _sonar.inf 模板的副本(点击链接以下载附件)并手动更新 [SONAR#1] 部分的前四行。该信息可以从创建 SONAR 采集方法的 MassLynx 方法编辑器中获得。
  2. 通过 Apex3D(随 PLGS、蛋白质组学数据分析软件 Progenesis QI 和 DriftScope 一起分发;从命令行或批处理文件执行),使用以下示例参数设置之一进行峰检测。本文的附件部分还提供了一个示例批处理文件 (SONARcalibration.bat)。请务必使用文本编辑器更新突出显示的路径和参数。更改完成后,保存文件并双击执行。

\lib\Apex3D64.exe -pRawDirName …\filename.raw -outputDirName …\outputfolder -outputUserDirName …\outputfolder -lockMassZ2 785.8426 -lockmassToleranceAMU 0.25 -writeBinary 0 -bCSVOutput 1 -leThresholdCounts xyz -startingRTMin xyz -endingRTMin xyz -function 1  

\lib\Apex3D64.exe -pRawDirName …\filename.raw -outputDirName …\outputfolder -outputUserDirName …\outputfolder -lockMassZ1 556.2771 -lockmassToleranceAMU 0.25 -writeBinary 0 -bCSVOutput 1 -leThresholdCounts xyz -startingRTMin xyz -endingRTMin xyz -function 1

更新路径并为标记的参数指定名称和/或数据文件特定值。

  1. 该过程种会创建一个 filename_Apex3DIons.csv 文件,其中包含在指定保留范围内高于检测阈值的峰检测数据。

  2. 在 Excel 中打开文件并创建散点图,其中 m/zX 轴,移动性、atDrift1Start 和 atDriftStop 在 Y 轴。移动性代表分离窗口的中心,atDrift1Start 和 atDriftStop 分别代表边缘。下面给出了一个示例。

  1. 添加线性趋势线并在图表上显示方程式,如上图所示。

  2. 计算至少两个 m/z X 轴数据点,理想情况下是 SONAR 四极杆扫描窗口的开始和结束,本例中为 m/z 400 和 m/z 900,和对应的 bin Y 轴值的三个方程。在本例中,对于代表四极杆分离窗口中心的校正曲线,m/z 400 = 0.4014*400 - 159.18 = 1.37。来自其他两条校正曲线的信息将为 [SONAR#1] 部分创建以下行:Calibration=400,-5.83,1.37,9.59

  3. 更新 [SONAR#1] 部分的最后校正信息,提供如下所示的结果,并保存 _sonar.inf 文件。

  1. 将创建的 _sonar.inf 分发/复制到完整实验的所有 .raw 数据文件夹中。不需要校正单个文件。

附加信息

注意:手动规程说明的目的是用于具有相同 LE 和 EE 扫描范围和扫描时间的 SONAR 采集。

批处理文件中使用的命令词汇表:

命令 说明
…\lib\Apex3D64.exe Apex3D64.exe 位置
-pRawDirName …\filename.raw 原始数据的位置
-outputDirName …\outputfolder 处理结果的保存位置
-outputUserDirName …\outputfolder 处理结果的保存位置
-lockMassZ2 785.8426   使用 2+ Glufib 离子的锁定质量数,m/z 786.8426
-lockmassToleranceAMU 0.25 应用于锁定质量数检测的容差 (Da)
-writeBinary 0 指示 Apex3D 不要将输出数据写入 .bin 文件
-bCSVOutput 1 指示 Apex3D 将输出数据写入逗号分隔变量 (csv) 文件
-leThresholdCounts xyz “xyz”是一个数值,它定义了 Apex3D 低能量 (MS1) 阈值
-startingRTMin xyz “xyz”是一个数值,它定义了要处理数据的保留时间窗口的开始
-endingRTMin xyz “xyz”是一个数值,它定义了要处理数据的保留时间窗口的结束。
-function 1 定义将处理的数据通道

    

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