能否将 MSe 或 HD-MSe 数据导出为 MassLynx RAW 文件用于 PLGS 或 Progenesis QIp 分析？- WKB44745

环境

• UNIFI 1.9 SR3
• UNIFI 1.9 SR4

• MassLynx 软件

• ProteinLynx Global Server (PLGS)

• 蛋白质组学数据分析软件 Progenesis QI

• Vion IMS QToF

• Xevo G2-XS QToF

答案

UNIFI 控制的 Vion IMS-QToF 或 Xevo G2-XS QToF 均不支持蛋白质组学工作流程，即使将数据导出为 MassLynx (.raw)、Mascot Generic Format (MGF) 等其它文件格式或 mzML 等开放标准文件格式也是如此。

附加信息

UNIFI 会限制给定采集的峰数量，防止 Oracle 数据库变得过大。MSe 蛋白质组学采集通常会生成包含数百万个峰的数据文件。因此，UNIFI 不支持从 Vion 或 XevoG2-XS 进行蛋白质组学数据采集。如果您采集蛋白质组学数据，则导出为 .raw 格式后，并不是所有目标峰都会出现。数据会被截断。导出的文件并不包含所有峰，如果在 PLGS、Progenesis QIp 或 Mascot 中分析数据，分析将完全失败或者只生成部分结果。