在 UNIFI 中，MaxEnt3 如何处理包含 Br 原子的肽峰？ - WKB23262

环境

• UNIFI 1.8.2

答案

Maxent3 将查找多电荷离子，然后将其转换为单电荷的中性分子质量数。含溴 (Br) 的肽中会存在重叠的碳同位素系列（一个用于 79Br，另一个用于 81Br），这使情况变得更加复杂。通常，系列中的第一个同位素是 C12峰，Maxent3 可以将其作为离子系列的开始，并据此进行去卷积计算。在含溴的肽中，81Br/12C峰和 79Br/14C峰质量数相同，例如：

440.62  = 79Br/12C
441.87 = 79Br/13C
441.12 = 79Br/14C，以及 81Br/12C
441.3722 = 81Br/13C
441.622 = 81Br/14C

这意味着该基团中的第三个峰（81Br 同位素系列的开始）可能是最强的。

因为 Maxent 以最强峰即 12 C（单同位素）峰为基础去卷积，所以它可能会错误地只使用以 441.1896 (4+) 和 587.9114 (3+) 开头的 81Br 离子系列。

通过将 81Br 额外的 2 Da 并入肽序列的预期质量数中，将观测到的脱糖后的 （语境适用时使用）质量数与目标组分的预期质量数匹配。如果溴被添加到现有氨基酸的侧链上，用户可以通过定义用式“81Br”修饰的氨基酸，然后选择要应用修饰的氨基酸，将其合并到搜索方法中。如果含有 Br 的肽是掺入肽中的非标准氨基酸，您应在科学库中定义自定义氨基酸，并在公式中使用 [81Br] 指定重溴同位素，例如 C6H14N2O2[81Br]。

或者，在某些情况下，也可以让 UNIFI 将 79Br 和 81BR 峰识别为单独的组分。要执行此操作，请在氨基酸库中设置 81Br 标记的合成氨基酸，然后创建包含 81Br 版本自定义氨基酸的第二个目标序列。然后，在设置处理参数时，定义目标序列（79Br 和 81Br 版本），并在 3D 峰检测设置中，将色谱峰宽设置为 Manually specified 峰 width = 0.03 min（手动指定的峰宽 = 0.03 分钟）。

附加信息