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自定义氨基酸修饰不适用于“向前看”或“向后看”指定的残留物-WKB118646

故障描述

  • 尽管已对“向前看”和“向后看”序列进行了自定义氨基酸修饰,确保仅修饰特定蛋白质序列中的特定残基,但在搜索结果中可以为中的其它氨基酸赋予修饰。
    • 例如,组蛋白 H3 的“尾部”包含八个赖氨酸(K)残基,其中每个残基都可以被乙酰化。修饰不同的残基具有不同的生物效应,这些赖氨酸也可能会经历其它修饰(请参阅组蛋白拖尾在核小体中的作用:计算研究,Erler 等人,Biophysical Journal 107,Vol 12,2014)

Histone H3 tail.JPG

  • 如果要定义 K9 的乙酰基修饰,可以在 UNIFI 科学库的修改编辑器中定义“ STG”前瞻序列和/或“ TAR”后延序列。
    • LA_LB_Editor.JPG
  • 如果添加“向前看”序列(与“向前看”序列结合使用)或单独使用,“修改编辑器”将显示正在正确应用的修改特异性,但不会在“处理”结果中使用“特定于站点的修改”分析方法”的“氨基酸修饰”部分
  • 如果您仅定义包含向前看序列,则修改编辑器将显示正确应用的修改特异性,也将在方法的“氨基酸修改”部分中使用使用特定于站点的修改的分析方法的“处理结果”中正确应用

环境

  • UNIFI 1.9_SR4

原因

软件错误

解决方法

  1. 定义位点特异性氨基酸修饰时,请仅指定“向前看”序列。
  2. 定义位点特异性氨基酸修饰时,请勿定义“向后看”序列。

附加信息