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自定义氨基酸修饰无法用于向前查找或向后查找设置指定的残基 - WKB118646

故障描述

  • 尽管通过向前查找和向后查找序列应用了自定义氨基酸修饰,确保在特定的蛋白质序列中仅修饰特定残基,但搜索结果中的其他氨基酸也可能会被分配修饰。
    • 例如,组蛋白 H3 的“尾部”包含八个赖氨酸 (K) 残基,每个残基都可能被乙酰化。不同的残基修饰会具有不同的生物学效应,这些赖氨酸也可能受到其他修饰的影响(请参阅 The Role of Histone Tails in the Nucleosome: A Computational Study, Erler et al., Biophysical Journal, 107, Vol 12, 2014)。

Histone H3 tail.JPG

  • 如果想要定义特定于 K9 的乙酰修饰,您可以在 UNIFI 科学库的修饰编辑器中定义“STG”的向前查找序列和/或“TAR”的向后查找序列。
    • LA_LB_Editor.JPG
  • 如果包含向后查找序列,无论是与向前查找序列组合还是单独包含向后查找序列,修饰编辑器都会显示正确应用的修饰特异性,但它在“分析方法”的“氨基酸修饰”部分,在使用位点特异性修饰的处理结果中则无法正确应用。
  • 如果只包含一个向前查找序列,则修饰编辑器会显示正确应用的修饰特异性,并且它在方法的“氨基酸修饰”部分,在使用位点特异性修饰分析方法的处理结果中也能够正确应用。

环境

  • UNIFI 1.9_SR4

原因

软件错误

解决方法

  • 定义位点特异性氨基酸修饰时,仅指定向前查看序列。
  • 在定义位点特异性氨基酸修饰时不要定义向后查看序列。

附加信息

 

id118646, lysine, SUPUNIFI, UNIFISVR, UNIFISW18, UNIFOPT, UNIFQLIC, UNIFSW17, UNIFSW18, UNIFSW19, UNIFWGLIC, UNIFWKLIC