如何修改 ProMass 质量数表中用户定义的核苷酸的合计公式/质量数，从而与修改的寡聚核苷酸的序列相匹配 - WKB91954

目的

修改 ProMass 中用户定义的核苷酸的合计公式/质量数，从而与修改的寡聚核苷酸的序列相匹配。

环境

• MassLynx 4.2
• 用于 MassLynx 2.0 的 ProMass
• 用于 MassLynx HR 的 ProMass

步骤

对于 znova_masses.ini 文件，应使用具有一个磷酸酯键的核苷酸单体残基的中性式计算核苷酸残基的质量数，然后从该式中减去 H2O 的质量数。ProMass 假定全链 5’ 或 3’ 末端无磷酸根，因此缺省情况下全序列会在 3’ 或 5’ 末端留有 OH。这与您使用氨基酸残基的方式类似。您可以从氨基酸中减去 H2O 的质量数，从而得到残留质量数。

例如，对于 A MOE Gapmer，这将是正确的单一同位素质量数：

#A MOE GAGPER，C13H18N5O7P

xA = 387.0943842

附加信息

以上信息由 Novatia 提供。