数据传输任务当前使用的批处理文件需要两个参数：Waters 原始数据文件的（源）路径和将数据复制到的（目标）路径。此备用批处理文件将添加两个附加的可选参数。这些参数用于连接远程系统的用户名和密码。如果未提供这两个附加参数，则行为将与当前批处理文件相同（即，系统成功时不需要验证，系统失败时则需要验证）。如果提供了这两个参数，则假定第一个附加参数为用户名，第二个为密码。

在 Symphony 之外，可使用以下示例命名批处理文件：

1). CopyData.bat c:\source_location\MSe.raw\ c:\destination_location\MSe.raw\

（无需验证）

2). CopyData.bat c:\source_location\MSe.raw\ c:\destination_location\MSe.raw\ lord_commander ygritte

（需要验证；用户名为 lord_commander，密码为 ygritte）

这是 Symphony 中使用验证的任务的外观。请注意，用户名和密码硬编码的方式，即用户名和密码是直接在任务中设置的，不使用数据密钥。

在上面的示例中，用户名和密码数据密钥需要在管道定义本身中进行设置，或者通过某种方式动态提取。在任务中对用户名和密码进行硬编码的优点是，用户无需为使用任务的每个新管道输入用户名和密码。缺点是每次要提供不同的身份验证凭证组时都需要单独的任务，因为每个任务只能提供一个预设凭证。

以下是使用数据密钥的任务的任务 XML 链接：http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/DataTransferAuthentication-datakeys.xml

以下是使用硬编码值的任务的任务 XML 链接：http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/DataTransferAuthentication-hardcoded.xml

重要说明：当前批处理文件和备用批处理文件都针对 Waters 原始数据格式（即文件夹）设计。它们将显示非文件夹项的未定义/意外行为。未来当用户移动的不仅是原始数据时，这种情况可能会出现。也许我们需要其它批处理文件以用于文件（和文件夹），或者应该有一个设计合理的批处理文件。用户当然可以创建任何自己想要的东西，而用于身份验证和文件/文件夹的预设非常合适。

ProteoWizard — MSConvert Support

MSConvert 是 ProteoWizard 项目的一部分，它可以将供应商格式的文件（包括 Waters）转换为开放格式，例如 mzML、mzXML、MGF 等。

在这里，我们将介绍 Symphony 如何支持使用 MSConvert 将 Waters 数据转换为开放格式。

安装
安装 ProteoWizard。您可以从 http://proteowizard.sourceforge.net/downloads.shtml 获取。它适用于 Windows（32 位/64 位）、Linux（64 位）和 Mac（32 位），但对于 Symphony，应安装 32 位版本。它随附有用于读取原始文件的所有相应 Waters 软件库，因此无需单独安装 Waters 软件库，尽管许多 PC 可能已经安装了这些软件。

记下 ProteoWizard 安装目录。通常为“C:\Program Files (x86)\ProteoWizard\”，后跟特定版本的后缀。

创建任务在 Symphony 中创建任务，确保 MSConvert.exe 的路径正确/适当。
这是用于转换为 MGF 的任务：

这是用于转换为 mzML 的任务：

这是用于转换为 mzXML 的任务：

任务定义非常相似。您可以看到如何从中创建新任务，以便将其转换为 MSConvert 支持的另一种格式，或在转换过程中自定义其它内容。有关完整选项集，请参阅 MSConvert GUI。

这里的 #copydatapath 参数与数据传输任务使用的参数相同。请参阅下面的管道。

如果您不想自己创建（或出于其它原因）任务 XML 文件，请查看以下链接：
http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/ConvertToMGF.xml
http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/ConvertToMZML.xml
http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/ConvertToMZXML.xml

创建管道

这是一个使用数据传输任务和 ConvertToMZML 任务的示例管道：

以下是这两项任务的结果：

-数据传输任务会将数据从 #rawdatapath 复制到 #copydatapath。

-转换任务会将数据从 #copydatapath 转换为 #mzmloutputpath。

可以从 MSConvert 中省略“-o”选项（我们尚未对此进行检查）。如果是这样，则可能不需要 #mzmloutputpath（MGF 和 mzXML 类似同理）。

如果您不想自己创建文件（或出于其它原因），请查看以下为管道 XML 文件的链接：http://pgb.liv.ac.uk/files/symphony/DataTransferTraining.xml

附加信息

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