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为什么在质谱图窗口标题中的 MSMS 设置质量数与峰质量数不匹配?- WKB28313

本文是故障排除路径的一部分。要开始解决此问题,请选择下面的链接。
MassLynx data dependent acquisition (DDA) questions
Articles containing tips on setting up MassLynx DDA methods, solutions and known workarounds to problems with DDA in MassLynx, answers to DDA questions, and corrections to outdated DDA information in MassLynx Help files
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环境

  • Synapt XS
  • Synapt G2-Si
  • Synapt G2-S
  • Synapt G2
  • Synapt G1
  • QTof Premier
  • Xevo G2-XS QTof
  • Xevo G2-S QTof
  • Xevo G2 QTof
  • Xevo QTof
  • MassLynx 4.1
  • MassLynx 4.2
  • MSMS 方法
  • DDA 方法
  • Tof-MRM 方法

答案

当使用 MSMS、Tof-MRM MS 方法或包含列表的 DDA 方法采集数据时,在 MassLynx 质谱图窗口中查看数据时,四极杆设置质量数可能与方法中指定的质量数略有不同。

类似地,在 DDA 分析中,仪器需要按照 MS 测量采集的指示运行特定的四极杆设置质量数,探测扫描中的质量数和 MSMS 质谱标题结果中的质量数可能会有所不同。

在进行 MSMS/DDA 切换实验时,结果原始文件 Spectrum(质谱图)标题中或 Spectrum > SpectrumQTOF > SetMass(质谱图 > SpectrumQTOF > 设置质量数)中报告记录的 Set Mass(设置质量数)与 MS 方法中设置的值以及峰注释中显示的质量数不同。

来自 Synapt G2-Si 的 MSMS 数据示例:

clipboard_e712054a4ee608fba1103339366eea854.png

Xevo G2-XS QTof 的 DDA 数据示例

DDA spectrum header issue.JPG


这似乎与加载的校正有关 - 如果加载了 uncal.cal,则看不到回读错误。

这是由于 MassLynx 在质谱标题中报告设定质量数的方式的错误引起的。四极杆在采集过程中应用的设定质量数是正确的,但在质谱标题中报告的质量数未正确应用校正。Waters 软件开发人员已调查了该错误,但发现如果该错误不引起其他问题则无法修复。

 

附加信息

这也对 UNIFI 1.9.4 对受影响仪器数据的后处理产生不利影响。请参阅文章 28317

使用 UNIFI 1.9.13 将 MassLynx DDA 数据导入 waters_connect 时,母离子质量数根据数据计算,而不从头文件中读取。因此,UNIFI 1.9.13 不受 MassLynx DDA 数据中此异常的影响

MLYNX, MLYNXV41, QTOF-PREM, SUPMM, SYNAPT, SYNAPTMS, SYNAPTXS, SYNG2HD, SYNG2HDMAL, SYNG2MS, SYNG2MSMAL, SYNG2SHD, SYNG2SHDML, SYNG2SIHD, SYNG2SIMS, SYNG2SMS, SYNG2SMSML, XEVOG2XSTF, XEVOQTOF