为什么在质谱图窗口标题中的 MSMS 设置质量数与峰质量数不匹配？- WKB28313

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环境

答案

当使用 MSMS、Tof-MRM MS 方法或包含列表的 DDA 方法采集数据时，在 MassLynx 质谱图窗口中查看数据时，四极杆设置质量数可能与方法中指定的质量数略有不同。

类似地，在 DDA 分析中，仪器需要按照 MS 测量采集的指示运行特定的四极杆设置质量数，探测扫描中的质量数和 MSMS 质谱标题结果中的质量数可能会有所不同。

在进行 MSMS/DDA 切换实验时，结果原始文件 Spectrum（质谱图）标题中或 Spectrum > SpectrumQTOF > SetMass（质谱图 > SpectrumQTOF > 设置质量数）中报告记录的 Set Mass（设置质量数）与 MS 方法中设置的值以及峰注释中显示的质量数不同。

来自 Synapt G2-Si 的 MSMS 数据示例：

Xevo G2-XS QTof 的 DDA 数据示例

这似乎与加载的校正有关 - 如果加载了 uncal.cal，则看不到回读错误。

这是由于 MassLynx 在质谱标题中报告设定质量数的方式的错误引起的。四极杆在采集过程中应用的设定质量数是正确的，但在质谱标题中报告的质量数未正确应用校正。Waters 软件开发人员已调查了该错误，但发现如果该错误不引起其他问题则无法修复。

请务必记住，MassLynx 连接头中记录的设置质量数是发送到四极杆电子元件的值，允许它们排除指定质量数以外的所有质量数，使其无法进入碰撞室和飞行时间检测器进行 MSMS 分析。这与观察到的准确（至小数点后 4 位）母离子质量数不同。部分原因是它不需要非常准确，只需将触发 MSMS 开关的离子传递到碰撞室和飞行时间检测器即可。

附加信息

这也对 UNIFI 1.9.4 对受影响仪器数据的后处理产生不利影响。请参阅文章 28317。

使用 UNIFI 1.9.13 将 MassLynx DDA 数据导入 waters_connect 时，母离子质量数根据数据计算，而不从头文件中读取。因此，UNIFI 1.9.13 不受 MassLynx DDA 数据中此异常的影响