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如何为 SYNAPT G2 HD 数据手动校正 CCS 值 - WKB25249

目的

计算漂移 bin 中 SYNAPT G2 离子淌度数据的碰撞截面值,以便将 CCS 值导入 Progenesis QI for Proteomics 中。

SYNAPT G2-S/Si 相对自动化。您可以在 IntelliStart 中运行 CCS 校正,然后 MassLynx 软件中采集的离子淌度数据会自动报告为碰撞截面 (CCS),而不是漂移时间。导入 .Raw 数据后,Progenesis QI 会接收该 CCS 信息。在 SYNAPT G2 上,用于 CCS 校正的 IntelliStart 选项不可用。但演示实验室已经证明可以按照以下步骤进行操作。

环境

  • Synapt G2

步骤

  1. 创建校正。
    1. 使用与样品采集完全相同的仪器设置采集多聚丙氨酸的离子淌度校正数据。
    2. 将 *.csv 多聚丙氨酸参比文件 (polyalanine ref_cal.csv) 保存在 DriftScope“cal”子文件夹中(如果尚未存在)。
    3. 在 DriftScope 中打开以前采集的多聚丙氨酸数据。
    4. 单击 Detect Peaks(检测峰)按钮并使用通用设置(每个检测到的峰顶点都有一个点)。
    5. 单击 Peak Detection(峰检测),然后选择 Calibrate Peaks > New Calibration(校正峰 > 新建校正)。新的 CCS Calibration Editor(CCS 校正编辑器)窗口将打开。
    6. 单击 File > Open reference file…(文件 > 打开参比文件…)加载多聚丙氨酸 *.csv 参比文件。
    7. 单击 Peaks > Auto select…(峰 > 自动选择...),将 m/z 容差设置为 0.1 Da,Intensity Threshold(强度阈值)设置为 0,以便为采集设置生成离子淌度校正曲线。
    8. 单击 Calibrate > Save calibration(校正 > 保存校正),保存刚刚生成的校正。CCS Calibration Editor(CCS 校正编辑器)窗口自动关闭,最初的 DriftScope 数据窗口重新打开。
  2. 将校正应用于样品数据。
    1. 在 DriftScope 中打开样品数据,并通过与多聚丙氨酸数据完全相同的方式应用 Detect Peaks(检测峰)。
    2. 应为每个单独的数据文件选择合适的 Minimum Intensity Threshold(最小强度阈值)(检测到的峰过高且非常少,大多数过低峰和整个数据集被点覆盖,包括所有低水平的背景离子!)。
    3. 单击 Peak Detection(峰检测),选择 Calibrate Peaks… > Apply Calibration…(校正峰.. > 应用校正...),然后用鼠标左键单击先前生成的校正文件(校正文件的名称与最初的原始数据文件的名称一致)。
    4. 单击 Open(打开)- 此操作会将校正文件应用于在 DriftScope 中打开的样品数据。
    5. 要在 DriftScope 中放大目标区域,请单击 Use Zoom / Combine Tool(使用缩放/组合工具)按钮,然后按住鼠标左键并绘制所需区域。
    6. 要查看样品数据的 CCS 计算值,请在 DriftScope 中放大目标区域,按住键盘上的控制 (Ctrl) 控制键,将鼠标指针悬停在与目标离子相对应的顶点上。

执行此操作后,CCS 值将持续存储在数据文件中,如果将数据导入 Progenesis QI 或 UNIFI,则还应导入 CCS 值。

附加信息

您可以使用包含以下命令的 bat 文件,自动将校正文件复制到相关的 .raw 文件夹中(“.”表示原始文件的名称,必须更改原始文件和 mob_cal.csv 文件的路径,以反映正确的文件位置):

@echo off
for  /D  %%a  in ("d:\test\test2\*.*") do xcopy  /y  /d  d:\test\mob_cal.csv "%%a\"

 

MLYNX, MLYNXV41, SUPMM, SYNG2HD, SYNG2HDMAL, SYNG2MS, SYNG2MSMAL